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给二百八两外，复给银五百九十馀两，以纾丁力。漕船建造修葺，其费有经常，有额外，年糜国帑数十百万。及其出运，勒索于州县者又数十百万。催趱迎提，终岁劳攘，夹带愈多，虽苏、松内河，亦无岁不剥运。剥运仍责舟于沿途，甚至拦江索费，夺船毁器，患苦商民，抗违官长，以天庾为口实，援漕督为护符，文武吏士，畏其势焰，莫或究诘。
凡漕船载米，毋得过五百石。正耗米外，例带土宜六十石，雍正七年，加增四十，共为百石，永著为例。旋准各船头工舵工人带土宜三石，水手每船带土宜二十石。嘉庆四年，定每船多带土宜二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，备极劳苦，日用亦倍蓰家居，于是有夹带私货之弊。漕船到水次，即有牙侩关说，引载客货，又于城市货物辐辏之处，逗留迟延，冀多揽载，以博微利。运官利其餽献，奸商窜入粮船，藉免国课。其始运道通顺，督漕诸臣不事苛察。逮黄屡倒灌，运道淤浅，漕臣严申夹带之禁，丁力益困。
当商力充裕时，军船回空过淮，往往私带盐斤。漕运总督张大有条上六事：一，长芦、两淮产盐之处，奸民勾串灶丁，私卖私贩，伺回空粮船经过，即运载船中，请严行禁止，违者俱依私盐例治罪；一，粮船回空时，请于瓜洲、江口派瓜洲营协同？员搜查；一，运司等官拏获私盐，请依专管兼辖官例议叙；一，随帮官专司回空，有能拏获私盐三次及帮船三次回空无私盐事者，以千总推用；一，每船量带食盐四十斤，多带者以私盐例治罪；一，例带土宜之外，包揽商船木筏者，照漏税例治罪，货物入官。自是禁网益密矣。帮丁困苦，爰有津贴之议。江苏漕船，以松江帮丁力为最疲。定例松、太等属每船津贴银三百两，旋加为五百两。帮丁视为额给之项，仍欲另议津贴，开船迟延，州县恐贻误获谴，恆私饣鬼之，以致津贴日增，流弊无已。
漕运抵通及遇浅，皆须用剥船。清初设红剥船六百艘，每船给田四十顷，收租赡船，免其徵科。近畿州县距河甚远，恆雇觅民船，河干游民藉之邀利，及接运漕粮，往往有盗卖攙和之弊，甚有盗卖将尽，故倾覆其船，逮运官查明，仍责地户赔偿，倾家荡业。又领船船户例受天津钞关部差管辖，每岁河冰未泮之日，部差催促过堂守候，莫不有费，苦累实甚。三十九年，裁红剥船，依原收租数分派各省，于漕粮项下编徵，解粮道库支发。乾隆二年，定每船给红剥银二两，由随帮千总领发，漕船遇浅，由运军自雇民船，坐粮？酌定雇价。十三年，增设船六十艘，造船及用具夫役工食，均于红剥银内支用，馀仍分给运军。南粮入北河后，官为雇船剥运，粮艘未到，剥船先期预备，守候累日，且有妨商盐挽运。五十年，谕令另造剥船，南粮抵北河，即剥运赴通，嗣后毋得封固民船，致滋扰累，违者罪之。寻议定官备剥船千二百艘，发交附近沿河天津等十八州县收管，如有商货盐斤，许其揽载，四月以后，调赴水次，毋得远离。翌年复添造三百只，交江西、湖广成造，运送天津，与原设剥船在杨村更番备剥。豫、东二省，因水浅阻滞，定造剥船三百艘，交德州、恩、武城、夏津、临清五州县分管。
清初沿明卫所之制，以屯田给军分佃，罢其杂徭。寻改卫军为屯丁，毋得窜入民籍，五年一编审，粮道掌之。康熙初，定各省卫所额设运丁十名。三十五年，定漕船出运，每船佥丁一名，馀九名以谙练驾驭之水手充之。凡佥选运丁，佥责在粮道，举报责卫守备，用舍责运弁，保结责通帮各丁。寻佥本军子弟一人为副军。雍正初，免文学生员佥运。先是江苏按察使胡文伯以江、安十卫去苏、松水次遥远，遇有应更换之丁，运官赴卫查佥，往返须时，请预佥备丁，造册送粮道，转送总漕备案。经户部议准。漕督杨锡绂上疏争之，略言：“预佥閒丁，其不必者有二，不便者有二。各省卫帮，贫富不等。殷富之帮，本无俟閒丁预备；贫乏之帮，遇有应换之丁，百计搜查，求一二殷丁且不可得，安有数十閒丁可以预备？其不必一也。又殷实军丁，生计粗裕，猝遇收成歉薄，一二年或即转为贫乏，今既佥选註册矣，设需用之时，已经贫乏，是仍以疲丁应选，其不必二也。至送粮道点验，仆仆道途，废时失业，不便一也。卫所州县书吏，喜于有事，富者贿脱，贫者受佥，不便二也。请停止预选閒丁註册。”从之。
旧制漕船旗丁十名，丁地五顷。其后丁地半归民户，运丁生计贫乏，经户部行文清查，不许民间侵占。乾隆初，巡漕御史王兴吾奏：“屯田籍册年久散失，无可稽考。亦有册籍仅存而界址难于徵实，或军丁典佃于民，而展转相售、屡易其主者。清田归运，徒滋扰累。盖津贴之举已成通例，民出费以赡丁，丁得项以承运，相沿既久，无碍于漕。况丁得田不能自耕，势必召佃收租，是与未赎时之津贴同一得项承运，未见有益也。”二十五年，锡绂奏：“漕运之有疲帮，实缘运丁债负为累。浙江之金、衢、严、温、处、绍、台、嘉等帮，江南之江、淮、兴、武、凤阳、大河等帮，债欠尤多，帮疲益甚。欲除私负之累，莫若出借官帑。请于浙江江、安道库各提银六万两，专备疲帮领借。每岁督运道员，查按沿途及抵通需用银数，提交押运，至期散给，于次年新运应领项下扣还，俟疲帮渐起，奏明停止。
各省州县卫帮承佥运丁，均以奉文派佥日起，限两月佥解，并查明田地房产，造册送总漕存案。设有亏短挂欠，令其赔补。若佥派后实系卖富差贫，或弃船脱逃，或重佥已革之丁，以及徇情出结、将军丁改入民籍者，承佥之员降二级调用，不准抵销。其上司照失察例议处。从漕督毓奇请也。道光十三年，给事中金应麟奏：“江、浙内河一带漕船，讹诈商民，有买渡、排帮等名目。州县以兑米畏其挑剔，置若罔闻，滞运扰民，为害甚大。”诏林则徐、富呢扬阿严行查禁。
运军往来淮、通，终岁勤苦，屯田所入有限，于是别给行月钱粮资用，其数各省不一。江南运军每名支行粮二石四斗至二石八斗，月粮八石至十二石。浙江、江西、湖广行粮三石，月粮九石六斗。山东行粮二石四斗，月粮九石六斗。其通、津等卫协运河南漕船运丁行月之数，与山东同。各省领运千总等官，于廪俸外多有兼支行粮者。行月二粮，旧时本少折多，且折价每石不过三四五钱，各处官丁常有偏枯之控。诏令漕督议定查照岁支行月旧额本折各半，折色照漕欠每石银一两四钱，永著为令。康熙二十九年，行月钱粮设立易知由单，列明应给各项钱粮，丁各一纸，照款支给。如官役剋扣婪索，许本丁将事由载单内，于过淮时陈控。
雍正元年，覆准运船到次，先将本色行月钱粮于三日内给发折色银，由卫守备出具印领受，领运千总钤章，解道验明，以半给军，半封固，粮道赉淮，由总漕监发，愆期迟延者罪之。乾隆五年，议定运丁于解淮验给一半钱粮内，酌留回空费用，数多者扣留三之一，少者酌扣八两，令粮道另行封兑，于过淮时交随运官弁收领，俟抵通交粮后，给发各丁。缘各省漕船回空，每因资斧缺乏，不能及时抵次也。十年，漕督顾琮上言：“粮道所押帮船，多少不同，兑开复有迟早，必俟最后之帮开竣，方得赴帮督察，而首进之帮，又不免守候领银之累。请仍令粮道兑准封给领运千总，解淮呈验散给。”从之。
凡漕船停歇，月粮减半给发，民船停运，给月粮原额四之一。三十年，车驾南巡，截留江、浙二省冬兑漕粮各十万石，减歇之船，于应给月粮外，加恩再给十之二，以示体恤。运军月粮，遇闰按月本折均平支给，寻罢。嗣以闰月钱粮乃计日授食，各军春出冬归，停支一月，不免枵腹。山东、河南、浙江、江宁、凤阳等卫闰月有粮，仍照原额支给。山东、浙江及苏、太等卫，遇闰各有额编加徵银，江、兴等卫无之，遇闰于道库减存银内支用。江西、湖北、湖南系按出运船米之数支给。河南遇闰亦无加徵银，向准山东等省一例支给，经部驳追，寻准其照支。
各省运军名数参差不齐。江、浙每船十一二名不等。嗣议定每船概以十军配运，按名支给行月。安庆卫旧系按漕用军按名派行月二粮。自画一裁减后，每船祗用十军，而所载漕粮则倍于他船，应仍按粮支给行月。山东德州等卫有自雇民船装运漕粮者，一体支给行月钱粮。江宁省卫无赡运屯田，遇有减存，同出运之船支给安家月粮。江淮、兴武二卫，原
减驾军二名，准其复设，派给行月二粮，例由布政司行文各府州县支领，每船餽遗书吏六七金不等，否则派拨远年难支钱粮及极远州县，而州县粮书又有需索，每船约二三金不等。十金之粮，运丁所得实不及半也。
漕粮为天庾正供，司运官吏考成綦严。顺治十二年，定漕、粮二道考成则例。经徵州县卫所各官，漕粮逾期未完，分别罚俸、住俸、降级、革职，责令戴罪督催，完日开复。康熙二年，议定随漕行月、轻赍各项钱粮，总作十分计算，原参各官限一年接徵，而接徵之员止限半年，殊未平允。嗣后接徵官限一年，粮道、知府、直隶州一年半，巡抚二年。如仍不完，照原参分数议处。其经徵督催白粮各官考成条例，悉与漕粮同。白粮项下减存经费银不得擅用，违者题参，并勒令赔缴。粮道完储钱粮，春秋造册达部，候拨解京饷。年终及离任日，籓司盘查出如有侵亏，揭报巡抚题参。
凡漕欠，无论多寡，均发各粮道严追，承追官吏严查本弁本军产业，估计变售偿补。如运军侵粮逃逸，报明户部，行文总督提究。挂欠米石，追完补运，与本帮原欠米不符者，将过淮不驳换之总漕及督漕、承运各官并采买搭运之员，一并纠劾。其运到之米，按数收用，以免累及运军。承平日久，法令日弛，粮道及监兑、押运官既不亲临水次，粮船抵淮，漕总复不严行稽查，于是弁军任意折银，沿途盗卖，抵关时遂多挂欠矣。
四十五年，令嗣后耗赠漕截等银米，暂存粮道仓库，俟回空时，仓场查明，按其挂欠数扣抵。不足，以行粮抵补。旋议定挂欠漕粮不及一分至六分之弁军治罪，总漕、粮道按所欠分数议处，并将所欠漕粮，由总漕、粮道及监兑、押运、佥丁、卫所各官至运丁，分别担任，均限定期内偿还。不完，总漕、粮道交部议，运官、运军分别治罪，仍责成总漕、粮道赔偿。全完者，优叙。
粮船抵通起卸漕米，例买别帮馀米抵补。雍正三年，奏准嗣后漕米如有不足，即分别参处偿还，不得以别帮馀米买补。其运军日用馀米，许其售卖，馀并禁阻。
漕船经涉江湖，偶遇风涛漂没，沿途催趱各官，及汛地文武官，亲临勘验出结，总漕及巡抚覆勘奏免。若军弁诈报漂没，及漂没而损失不多，乘机侵盗至六百石者，拟斩；不及六百石，充发极边，漕米按数赔缴。文武官遇漕船沈溺，不将情由申报，押运官弁巡查不谨，致失火焚毁者，俱降一级调用。地方官不协救，延烧他船者，罚俸一年。雍正初，奏准漕船在内河失风漂沈者，不许豁免，押运官弁照失于防范例，罚俸一年。如有假捏，严加治罪，出结官弁，从重议处。凡海洋江河遭风漂没，领运弁军幸获生全者，照军功保守在事有功例，晋级赐金。其漂没身故者，官弁照军功阵亡例，分别准廕加赠，运军给予祭葬银。
乾隆七年，议定漕船失风火灾，船未沉没，无论已未过淮，即令修固复载抵通。如已被沈难戽者，雇民船载运，随帮过淮盘验抵通。如失事在过淮以后，黄河中流，民船难募，令先分通帮带运开行，沿途仍雇觅民船装载。通帮各丁，出具互结，稍有亏欠，责令偿补。江、广漕船失风沈溺，如果不堪戽修，无论已未满号，地方官验明，申报总漕，就近变价，令运弁赉交粮道发给。回空漕船失事亦如之。嗣议准江苏、浙江、山东、河南等省买补船艘，如已满号，遇失风事故，就近折变，价银封交员弁携回，由粮道验给各军，以补新漕。漕船遇冰凌迅下，致被损坏，及雷火焚毁，沈失米粮，免其偿补。
各省漕粮，岁有定额，凡荒地无徵者，督抚勘实报免，随漕银米，一例蠲免。灾伤之区，应徵漕粮，及折改漕价，酌量各被灾轻重，分别缓徵、带徵。遇带徵之年，复又被灾伤，分年压徵带补。沿江沿海田地坍没水中者，保题豁免。水旱偏灾民地，例得蠲免，惟应船役，即被灾甚重，仍须供修船雇募等事，不得同邀宽典。康熙三十七年，议定京畿通州、武清、宝坻、香河、东安、永清六州县红剥船户所领地，水旱一体蠲免。水淹田亩，例于岁终确勘，涸前起徵，淹则停免。雍正十年，定淹田漕米照压徵例，俟冬勘后，涸则带徵，淹则豁免。
苏、松、太三属为东南财赋之区，赋额最重。世宗以来，屡议蠲缓，然较之同省诸府县，尚多四五倍或十数倍。道光时，两遭大水，各州县每岁歉蠲减，遂成年例。嗣是徵收之数，除官垫民欠，每年仅得正额之七八或五六而已。军兴以后，两府一州，受害尤酷。同治二年，谕江督、苏抚查明，折衷议减，期与旧额本轻之常、镇二府，通融覈计，著为定额。其绅户把持、州县浮收诸弊，永远禁革。四年，户部遵议：“江苏常、镇、太五属编徵米，系会同漕赠行月南恤局粮等款徵收。应如李鸿章等所奏，无分起运留支，一体并减，酌科则之重轻，视减成之多寡，计原额编徵米豆二百二万馀石，减五十四万馀石。”民困稍舒。曾国籓又请将苏、松地漕钱粮一体酌减。部覆漕项为办运要需，若议覈减，费必不敷，势须另加津贴，于民生仍无裨益。诏令国籓、鸿章仿浙省成例，覈实删减浮收，并严禁大户包揽短交等弊。是年减浙江杭、嘉、湖三属米二十六万馀石。
海运始于元代，至明永乐间，会通河成，乃罢之。清沿明代长运之制。嘉庆中，洪泽湖泄水过多，运河浅涸，令江、浙大吏兼筹海运。两江总督勒保等会奏不可行者十二事，略谓“海运既兴，河运仍不能废，徒增海运之费。且大洋中沙礁丛杂，险阻难行，天庾正供，非可尝试于不测之地。旗丁不谙海道，船户又皆散漫无稽，设有延误，关系匪细”上谓“海运既多窒碍，惟有谨守前人成法，将河道尽心修治，万一嬴绌不齐，惟有起剥盘坝，或酌量截留，为暂时权宜之计，断不可轻议更张，所谓利不百不变法也”自是终仁宗之世，无敢言海运者。
道光四年，南河黄水骤涨，高堰漫口，自高邮、宝应至清江浦，河道浅阻，输輓维艰。吏部尚书文孚等请引黄河入运，添筑闸坝，钳束盛涨，可无泛溢。然黄水挟沙，日久淤垫，为患滋深。上亦知借黄济运非计，于是海运之议复兴。诏魏元煜、颜检、张师诚、黄鸿杰各就辖境情形筹议。诸臣惮于更张，以窒碍难行入奏。会孙玉庭因渡黄艰滞，军船四十帮，须盘坝接运，请帑至百二十万金。未几，因水势短绌，难于挽运，复请截留米一百万石。上令琦善往查，覆称玉庭所奏渡黄之船，有一月后尚未开行者，有淤阻御黄各坝之间者，其应行剥运军船，皆胶柱不能移动。上震怒，元煜、玉庭、检均得罪。
协办大学士、户部尚书英和建言：“治道久则穷，穷则必变。河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务。盖滞漕全行盘坝剥运，则民力劳而帑费不省，暂雇海船分运，则民力逸而生气益舒。国家承平日久，航东吴至辽海者，往来无异内地。今以商运决海运，则风飓不足疑，盗贼不足虑，霉湿侵耗不足患。以商运代官运，则舟不待造，丁不待募，价不待筹。至于屯军之安置，仓胥之稽察，河务之张弛，胥存乎人。矧借黄既病，盘坝亦病，不变通将何策之从？臣以为无如海运便。”诏仍下有漕各省大吏议。时琦善督两江，陶澍抚安徽，咸请以苏、松、常、镇、太仓四府一州之粟全由海运。乃使布政使贺长龄亲赴海口，督同地方官吏，招徠商船，并筹议剥运兑装等事。嗣澍言：“现雇沙船千艘，三不像船数十，分两次装载，计可运米百五六十万石。其安徽、江西、湖广离海口较远，浙江乍浦、宁波海口或不能停泊，或盘剥费钜，仍由河运。”上乃命设海运总局于上海，并设局天津。复命理籓院尚书穆彰阿，会同仓场侍郎，驻津验收监兑，以杜经纪人需索留难诸弊。
六年正月，各州县剥运之米，以次抵上海受兑，分批开行。计海运水程四千馀里，逾旬而至。米石抵通后，转运京仓，派步军统领衙门文武员弁沿途稽查。沙船耗米，于例给旗丁十八万馀石内动放，所节省耗米六万石，仍随同起运。承运漕粮每石给耗米八升，白粮耗米一斗，以补正米之不足。仍将漕运商耗覈出二成，白粮覈出三成，由津局给价收买，随正交运。漕粮无故短少霉变，于备带耗米内补足；不敷，勒令买补。如有斫桅松舱伤人等事则免之。船户脚价饭米折色并津贴等银，先于受兑后发七成，馀三成交押运员弁，到坝后查无弊端，始行全发。沙船馀米不下十万石，初照南粮例，听天津人照市价收买。嗣以商人希图贱价售买，改由官为收买，其价银由江南委员转发船户，后仍令商船自行售卖。
每届海运期，沿海水师提镇，各按汛地，派拨哨船兵丁，巡防护送，并派武职大员二，随船赴津。上海交兑时，先期咨照浙江提镇水师营出哨招宝、陈钱一带地方，江南提镇水师营出哨大小洋山，会于马迹山，山东总镇出哨成山、石岛，会于鹰游门，以资弹压。山东洋面，责成游击、守备，搜查岛屿，防护迎送。后以邵灿言，停派护送武职大员，责成沿海水师逐程递护。嗣宁、沪商人各置火轮船一，遇新漕兑开行时，分别扼要巡防。
剥船，直隶旧设二千五百艘，二百艘分拨故城等处，八百艘留杨村，馀千五百艘集天津备用。后雇賝堪装漕粮二百五十石民船五百艘，以备装载。商船首次抵津，先仅府县仓脚庙宇拨卸三十万石，馀令剥船径运通仓。随将天津仓脚庙宇所储漕米运通，无庸转卸北仓，致多周折。至商船二次抵津，如剥船不敷装载，即将米先储府县仓脚庙宇；不敷，再剥储北仓。随令原剥将所储米石侭数运通。剥船足敷装载，即按首次商船办法，不必分储北仓，以归简便。剥船百六十只为一起，由经纪自派人分起押运交仓，押运员役禀报仓场，复驰回续押后起米船。经纪等止须带领斛手到船起卸，如有藉端刁难需索，交地方官从严治罪。
各州县经管剥船，每年例给修艌银五两，三年小修一次，给费二十两，岁终漕竣，逐一挑验，船身坚固者，酌量修艌，如损坏较甚，即核赏估价，所需经费，于道库油艌银项下动拨。封河守冻期内，每船工食银十五两，运米百石，给脚价八两四钱，食米一石一斗五升。嗣每百石加脚费五两。李鸿章因官剥船户贫困滋弊，例定工食银十五两，仅领一半，不敷赡家，请每船由苏、浙漕项内酌贴五两，部格不行。鸿章上疏争之，诏从其议。商船领运漕粮，迅速无误，万石以下给匾额，五万石奖职衔，每次奏保以百二三十人为限。
七年，蒋攸銛请新漕仍行海运。上以近年河湖渐臻顺轨，军船可以暢行，不许。其后各省岁运额漕，逐渐短少，太仓积粟，动放无存。二十六年，诏复行海运。二十七年，议准苏、松、太二府一州漕白粮米，自明岁始，改由海运。三十年，复令苏、松、太二府一州白粮正耗米，援照成案，由海运津。咸丰元年，户部尚书孙瑞珍请河海并运。御史张祥晋请将江苏新漕，援案推广常、镇各属及浙江，一体海运。下江督陆建瀛、苏抚杨文定、浙抚常大淳妥议。覆称明年苏、松、常、镇、太四府一州漕白粮米，请一律改由海运。浙漕碍难海运，请仍循旧章，从之。二年，建瀛上筹办海运十事，下部议行。是年以浙江漕船开兑过迟，回空不能依期归次，诏来岁新漕改为海运，从巡抚黄宗汉请也。五年，河决铜瓦厢，由张秋入大清河，挟汶东趋，运道益梗。六年，截留江苏应运漕粮二十万石供支兵饷，实运漕白正耗及支賸给丁馀耗米七十五万五千馀石，其歉缓南漕，令各州县依限催徵运通。
同治七年，议试用夹板船装运采买米石，水脚银数悉仍沙船例，给银五钱五分，挽至天津紫竹林，由商董就近寄栈，听验米大臣会同通商大臣验收过剥，所需小船剥价、栈租、挑力，每石给银七分，由商董承领经理。又每石给保险银三分，设有遭风抛失，责令贴补。至每米千石，随耗八十石，备带馀米二十石，剥船食耗米十一石五斗。又每百石给津、通剥价银八两一钱四釐，通仓个兒钱折银二两，均照海运正漕采买各案办理。是年以津沽河面狭隘，常有沈船失米之虞，于大沽增设海运外局。
九年，浙江巡抚杨昌濬奏：“浙省来岁新漕，酌拟海运章程十四条：一，委员分办，以专责成；一，新漕仍由上海受兑放洋，白粮仍循案装盛麻袋，首先运沪；一，宽备海运商船，并由苏省多拨沙船，移浙济用；一，经耗等米，仍照数支给，商耗饬带本色并馀耗申糙等米搭交仓；一，增给天津剥船耗米，以弥亏欠；一，津、通经费，照案备带，？羡等款，仍按数抵解；一，商船准带砲械，并由商捐轮船护送，仍责成沿海水师实力巡防；一，天津交米后，循旧责成经纪，续到之船，仍由天津道验收；一，循案加增海运经费；一，米船到津，应多添排数，宽备剥船；一，商船水脚等项，照案核给，并二成免税，酌定赏罚；一，商船二成免私之货，仍以米石计斤，所带竹木，照案免税；一，商船回空载货，照向章免税；一，米船抵津交卸，严禁经纪斗斛剥船需索浮费。”下部议行。十年，鸿章言：“剥船守候苦累，每载米百石，请加给脚价银五两，并另筹运白粮民船守候口粮银万二千两，由苏、浙粮道库漕项内拨解；不敷，则由司库通融借拨。”
十一年，昌濬请以轮船运漕，从之。轮船招商，由商人借领二十万串为设局资本，盈亏悉由商任之。购坚捷轮船三艘，每年拨海运漕米二十万石，由招商轮船运津，其水脚耗米等项，仍照向章办理。轮船到津，命直督筹备剥船转运，并会同仓场侍郎临栈查验，仍仿照白粮例，由江、浙抚道运通交纳，以杜折耗偷漏。轮船协运江、浙漕粮，签明某省漕白粮米字样于米袋之上。粮米上栈时，由沪局派员监兑；兑竣，即由轮船商局给收米回文，以后装船起运，俱由商局覈办，沪局不再与闻。其栈费夫力，亦由商局任之。凡漕粮派装轮船，轮船商局酌委执事，会同沪局详验，米色乾洁，方行收兑，交轮局押赴浦江东栈斛收。抵津，饬津局各员董提前验收，以免壅滞。轮船每艘载米三千石，填发连单，由津局稽核，一切领银领米等结悉罢之。轮船运米，由上海道填给免税执照，并援例得酌带二成货物。其洋药及二成之外另带货物，仍须纳税。
乔松年奏山东境内黄水日益汎滥，运河淤塞，拟因势利导，俾黄水先驱张秋。其张秋南北，普行挑濬，修建徬坝以利漕。丁宝桢、文彬奏请挽复淮、徐故道。事下廷臣会议。复称铜瓦厢决后，旧河身淤垫过高，势不能挽复淮、徐故道。至借黄济运，筑堤束水，与导卫济运之法同一难行。鸿章奏请仍由海道转运，令各省酌提本色若干运沪，由海船解津，馀照章折解，以节运费。并随时指拨漕折银两采买接济，并请停止河运采买粮石，推广海运。仍下部议。先是江北漕粮，由河运通，至是亦试办海运。十三年，奏准江西在沪采买漕粮八万石，交招商局由海运津，每石脚价银二两七钱。光绪元年，湖南漕粮采办正耗米二万三百四十五石，湖北采办三万石，均交招商局由海运津。江西、湖南寻停。
宝桢奏运河废坏，莫非黄水之害，治运必先治黄。应先将微山湖之湖口双闸及各减闸，迅速修砌，及时收蓄，以保湖潴；运河正身亦须量为疏濬。嗣桂清、毕道远、广寿、贺寿慈等亦以筹款修复运河为请。黄元善复称：“自黄河北徙，运河阻滞，改由海运，原属权宜之计。当时奏定江苏漕额，以河运经费作为海运支销，每石不得过七钱。嗣以经费不敷，迭次请增。江苏所加，距一两不远，浙江已加至一两，较道光二十八年、咸丰二年海运经费尚有节省归公者，大相迳庭。且海运历涉重洋，风波靡定，万有不测，所关匪细。河运虽迂滞，而沿途安定，经费维均。自各省以达京仓，民之食其力者，不可数计。裕国利民，计无善于此者。现停运未久，及时修复，尚属未晚。再迟数年，河道日淤，需费更钜。臣以为河运迂而安，海运便而险，计出万全，非复河运不可。”上命河督、漕督及沿河各督抚筹画具奏。沈葆桢疏驳桂清、毕道远等请将有漕省分酌提漕项及将海运粮石分出十数万石改办河运之议，并力言“河运决不能复。运河旋濬旋淤，运方定章，河忽改道，河流不时迁徙，漕路亦随为转移。而借黄济运，为害尤烈。前淤未尽，下届之运已连樯接尾而至，高下悬殊，势难飞渡。于是百计逆水之性，强令就我范围，致前修之款皆空，本届之淤复积。设令因济运而夺溜，北趋则畿辅受其害，南趋则淮、徐受其害，亿万生灵，将有其鱼之叹，又不仅徒糜巨帑无裨漕运已也”七年，令直督饬招商局有协运漕粮时，酌分道员驻津验兑，并责成粮道严督治漕事人员，兑米时加意查察。因招商局协运江、浙漕粮，有攙杂破碎诸弊故也。
十年，法人构衅，海运梗阻。太常卿徐树铭言：“漕粮宜全归河运，请于运道经行处疏濬河流，修治闸坝，并选雇民船以济运。”明年，曾国荃言：“来年河运酌添江苏漕粮五万石，并将邳、宿河道淤浅处，酌估挑濬。”从之。卢士杰言：“郑州黄河漫口夺溜，山东运河十里堡门外积淤日宽，回空漕船，不能挽抵口门。现宁、苏新漕待船装载，邳、宿挑淤筑坝，必待空船过竣，方可兴工。”上命迅饬疏濬积淤，俾漕船早日南下。十五年，从山东巡抚张曜请，改拨海运漕米二十万石仍归河运。曾国荃、黄彭年奏：“江、安河运米石，业经截留充赈。苏属河运漕米十万，前已改归海运，各州县起运，均已抵沪，骤改河运，窒碍难行。且雇船将近千艘，亦非旦夕可致。请俟本年冬漕，再行遵旨提前河运，以期规复旧章。”制可。
十九年，北运河上游潮、白等河狂涨，水势高于堤颠数尺，原筑上堰，俱没水中，运河水旱大小决口七十馀处，由津运京米麦杂粮千数百艘，在杨村阻浅，命鸿章将各口门堵合，并疏濬河身，停蓄水势，以利舟行。二十二年，王文韶奏：“南漕改行海运，惟江北漕粮仍由河运，复于苏、松项下提拨米十万石并入河运。船多道远，自黄入运，自运入卫，节节阻滞，船户穷无复之，窃米攙水，诸弊丛生。本年漕船到津，较昔已迟二三月，诚恐有误回空。已饬并程催趱，剋日兑收。但此次截留江北漕米五万石，米色尚佳。江苏五万石，米色参差，甚或蒸变，剔除晾曬，几费周章，盖运受黄病，已非人力所能挽救。拟请自本年始，改拨苏漕之十万石统归海运。其江苏冬漕仍办河运，以保运道。”下部议行。御史秦夔扬以江北河运劳费太甚，疏请停办，改折解部。部议漕粮关系京仓储积，未便遽更旧制。
二十六年，以战端既开，从陈璧请，于清江浦设漕运总局。车驾西幸，转运局移汉口，清江改设分局。是年南漕改用火车由津运京。二十七年，以财用匮乏，谕：“自本年始，直省河运海运，一律改徵折色，责成各省大吏清釐整顿，节省局费运费，并查明各州县徵收浮费，勒令缴出归公，以期汇成巨款。”奕劻请于应办白粮外，每年采办漕粮百万石，纯用粳米，并不得率请截留，从之。二十八年，部议本年江、浙漕粮，纯归招商局轮船承运，费应力从减省。盛宣怀奏：“近年沪局轮船，因事起运太迟，栈耗既钜，及运至塘沽，又值联军未退，费用倍于常时。二十六、二十七两年，招商局所领水脚，实不敷所出。本年太古洋行原减价揽载，英、日议定商约，均欲漕运列入约章，臣等力拒之。盖招商局为中国公司，前李鸿章奏准漕米、军米悉归招商局承运，实寓有深意也。此次详察中外情形，拟请自二十八年冬漕始，于向章每石轮船水脚保险等项漕米银三钱八分八釐一毫内减去五分，永为定制。”从之。
江、浙漕粮由海运津，向用剥船运至通仓，每石支耗米一升一合五勺，名曰“津剥食耗”自南漕改用火车运京，此项耗米，改令随正交仓。嗣因运米事竣，每有亏耗，许仍旧支给，以抵车运亏耗云。
给二百八两外，复给银五百九十馀两，以纾丁力。漕船建造修葺，其费有经常，有额外，年糜国帑数十百万。及其出运，勒索于州县者又数十百万。催趱迎提，终岁劳攘，夹带愈多，虽苏、松内河，亦无岁不剥运。剥运仍责舟于沿途，甚至拦江索费，夺船毁器，患苦商民，抗违官长，以天庾为口实，援漕督为护符，文武吏士，畏其势焰，莫或究诘。
凡漕船载米，毋得过五百石。正耗米外，例带土宜六十石，雍正七年，加增四十，共为百石，永著为例。旋准各船头工舵工人带土宜三石，水手每船带土宜二十石。嘉庆四年，定每船多带土宜二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，备极劳苦，日用亦倍蓰家居，于是有夹带私货之弊。漕船到水次，即有牙侩关说，引载客货，又于城市货物辐辏之处，逗留迟延，冀多揽载，以博微利。运官利其餽献，奸商窜入粮船，藉免国课。其始运道通顺，督漕诸臣不事苛察。逮黄屡倒灌，运道淤浅，漕臣严申夹带之禁，丁力益困。
当商力充裕时，军船回空过淮，往往私带盐斤。漕运总督张大有条上六事：一，长芦、两淮产盐之处，奸民勾串灶丁，私卖私贩，伺回空粮船经过，即运载船中，请严行禁止，违者俱依私盐例治罪；一，粮船回空时，请于瓜洲、江口派瓜洲营协同？员搜查；一，运司等官拏获私盐，请依专管兼辖官例议叙；一，随帮官专司回空，有能拏获私盐三次及帮船三次回空无私盐事者，以千总推用；一，每船量带食盐四十斤，多带者以私盐例治罪；一，例带土宜之外，包揽商船木筏者，照漏税例治罪，货物入官。自是禁网益密矣。帮丁困苦，爰有津贴之议。江苏漕船，以松江帮丁力为最疲。定例松、太等属每船津贴银三百两，旋加为五百两。帮丁视为额给之项，仍欲另议津贴，开船迟延，州县恐贻误获谴，恆私饣鬼之，以致津贴日增，流弊无已。
漕运抵通及遇浅，皆须用剥船。清初设红剥船六百艘，每船给田四十顷，收租赡船，免其徵科。近畿州县距河甚远，恆雇觅民船，河干游民藉之邀利，及接运漕粮，往往有盗卖攙和之弊，甚有盗卖将尽，故倾覆其船，逮运官查明，仍责地户赔偿，倾家荡业。又领船船户例受天津钞关部差管辖，每岁河冰未泮之日，部差催促过堂守候，莫不有费，苦累实甚。三十九年，裁红剥船，依原收租数分派各省，于漕粮项下编徵，解粮道库支发。乾隆二年，定每船给红剥银二两，由随帮千总领发，漕船遇浅，由运军自雇民船，坐粮？酌定雇价。十三年，增设船六十艘，造船及用具夫役工食，均于红剥银内支用，馀仍分给运军。南粮入北河后，官为雇船剥运，粮艘未到，剥船先期预备，守候累日，且有妨商盐挽运。五十年，谕令另造剥船，南粮抵北河，即剥运赴通，嗣后毋得封固民船，致滋扰累，违者罪之。寻议定官备剥船千二百艘，发交附近沿河天津等十八州县收管，如有商货盐斤，许其揽载，四月以后，调赴水次，毋得远离。翌年复添造三百只，交江西、湖广成造，运送天津，与原设剥船在杨村更番备剥。豫、东二省，因水浅阻滞，定造剥船三百艘，交德州、恩、武城、夏津、临清五州县分管。
清初沿明卫所之制，以屯田给军分佃，罢其杂徭。寻改卫军为屯丁，毋得窜入民籍，五年一编审，粮道掌之。康熙初，定各省卫所额设运丁十名。三十五年，定漕船出运，每船佥丁一名，馀九名以谙练驾驭之水手充之。凡佥选运丁，佥责在粮道，举报责卫守备，用舍责运弁，保结责通帮各丁。寻佥本军子弟一人为副军。雍正初，免文学生员佥运。先是江苏按察使胡文伯以江、安十卫去苏、松水次遥远，遇有应更换之丁，运官赴卫查佥，往返须时，请预佥备丁，造册送粮道，转送总漕备案。经户部议准。漕督杨锡绂上疏争之，略言：“预佥閒丁，其不必者有二，不便者有二。各省卫帮，贫富不等。殷富之帮，本无俟閒丁预备；贫乏之帮，遇有应换之丁，百计搜查，求一二殷丁且不可得，安有数十閒丁可以预备？其不必一也。又殷实军丁，生计粗裕，猝遇收成歉薄，一二年或即转为贫乏，今既佥选註册矣，设需用之时，已经贫乏，是仍以疲丁应选，其不必二也。至送粮道点验，仆仆道途，废时失业，不便一也。卫所州县书吏，喜于有事，富者贿脱，贫者受佥，不便二也。请停止预选閒丁註册。”从之。
旧制漕船旗丁十名，丁地五顷。其后丁地半归民户，运丁生计贫乏，经户部行文清查，不许民间侵占。乾隆初，巡漕御史王兴吾奏：“屯田籍册年久散失，无可稽考。亦有册籍仅存而界址难于徵实，或军丁典佃于民，而展转相售、屡易其主者。清田归运，徒滋扰累。盖津贴之举已成通例，民出费以赡丁，丁得项以承运，相沿既久，无碍于漕。况丁得田不能自耕，势必召佃收租，是与未赎时之津贴同一得项承运，未见有益也。”二十五年，锡绂奏：“漕运之有疲帮，实缘运丁债负为累。浙江之金、衢、严、温、处、绍、台、嘉等帮，江南之江、淮、兴、武、凤阳、大河等帮，债欠尤多，帮疲益甚。欲除私负之累，莫若出借官帑。请于浙江江、安道库各提银六万两，专备疲帮领借。每岁督运道员，查按沿途及抵通需用银数，提交押运，至期散给，于次年新运应领项下扣还，俟疲帮渐起，奏明停止。
各省州县卫帮承佥运丁，均以奉文派佥日起，限两月佥解，并查明田地房产，造册送总漕存案。设有亏短挂欠，令其赔补。若佥派后实系卖富差贫，或弃船脱逃，或重佥已革之丁，以及徇情出结、将军丁改入民籍者，承佥之员降二级调用，不准抵销。其上司照失察例议处。从漕督毓奇请也。道光十三年，给事中金应麟奏：“江、浙内河一带漕船，讹诈商民，有买渡、排帮等名目。州县以兑米畏其挑剔，置若罔闻，滞运扰民，为害甚大。”诏林则徐、富呢扬阿严行查禁。
运军往来淮、通，终岁勤苦，屯田所入有限，于是别给行月钱粮资用，其数各省不一。江南运军每名支行粮二石四斗至二石八斗，月粮八石至十二石。浙江、江西、湖广行粮三石，月粮九石六斗。山东行粮二石四斗，月粮九石六斗。其通、津等卫协运河南漕船运丁行月之数，与山东同。各省领运千总等官，于廪俸外多有兼支行粮者。行月二粮，旧时本少折多，且折价每石不过三四五钱，各处官丁常有偏枯之控。诏令漕督议定查照岁支行月旧额本折各半，折色照漕欠每石银一两四钱，永著为令。康熙二十九年，行月钱粮设立易知由单，列明应给各项钱粮，丁各一纸，照款支给。如官役剋扣婪索，许本丁将事由载单内，于过淮时陈控。
雍正元年，覆准运船到次，先将本色行月钱粮于三日内给发折色银，由卫守备出具印领受，领运千总钤章，解道验明，以半给军，半封固，粮道赉淮，由总漕监发，愆期迟延者罪之。乾隆五年，议定运丁于解淮验给一半钱粮内，酌留回空费用，数多者扣留三之一，少者酌扣八两，令粮道另行封兑，于过淮时交随运官弁收领，俟抵通交粮后，给发各丁。缘各省漕船回空，每因资斧缺乏，不能及时抵次也。十年，漕督顾琮上言：“粮道所押帮船，多少不同，兑开复有迟早，必俟最后之帮开竣，方得赴帮督察，而首进之帮，又不免守候领银之累。请仍令粮道兑准封给领运千总，解淮呈验散给。”从之。
凡漕船停歇，月粮减半给发，民船停运，给月粮原额四之一。三十年，车驾南巡，截留江、浙二省冬兑漕粮各十万石，减歇之船，于应给月粮外，加恩再给十之二，以示体恤。运军月粮，遇闰按月本折均平支给，寻罢。嗣以闰月钱粮乃计日授食，各军春出冬归，停支一月，不免枵腹。山东、河南、浙江、江宁、凤阳等卫闰月有粮，仍照原额支给。山东、浙江及苏、太等卫，遇闰各有额编加徵银，江、兴等卫无之，遇闰于道库减存银内支用。江西、湖北、湖南系按出运船米之数支给。河南遇闰亦无加徵银，向准山东等省一例支给，经部驳追，寻准其照支。
各省运军名数参差不齐。江、浙每船十一二名不等。嗣议定每船概以十军配运，按名支给行月。安庆卫旧系按漕用军按名派行月二粮。自画一裁减后，每船祗用十军，而所载漕粮则倍于他船，应仍按粮支给行月。山东德州等卫有自雇民船装运漕粮者，一体支给行月钱粮。江宁省卫无赡运屯田，遇有减存，同出运之船支给安家月粮。江淮、兴武二卫，原
减驾军二名，准其复设，派给行月二粮，例由布政司行文各府州县支领，每船餽遗书吏六七金不等，否则派拨远年难支钱粮及极远州县，而州县粮书又有需索，每船约二三金不等。十金之粮，运丁所得实不及半也。
漕粮为天庾正供，司运官吏考成綦严。顺治十二年，定漕、粮二道考成则例。经徵州县卫所各官，漕粮逾期未完，分别罚俸、住俸、降级、革职，责令戴罪督催，完日开复。康熙二年，议定随漕行月、轻赍各项钱粮，总作十分计算，原参各官限一年接徵，而接徵之员止限半年，殊未平允。嗣后接徵官限一年，粮道、知府、直隶州一年半，巡抚二年。如仍不完，照原参分数议处。其经徵督催白粮各官考成条例，悉与漕粮同。白粮项下减存经费银不得擅用，违者题参，并勒令赔缴。粮道完储钱粮，春秋造册达部，候拨解京饷。年终及离任日，籓司盘查出如有侵亏，揭报巡抚题参。
凡漕欠，无论多寡，均发各粮道严追，承追官吏严查本弁本军产业，估计变售偿补。如运军侵粮逃逸，报明户部，行文总督提究。挂欠米石，追完补运，与本帮原欠米不符者，将过淮不驳换之总漕及督漕、承运各官并采买搭运之员，一并纠劾。其运到之米，按数收用，以免累及运军。承平日久，法令日弛，粮道及监兑、押运官既不亲临水次，粮船抵淮，漕总复不严行稽查，于是弁军任意折银，沿途盗卖，抵关时遂多挂欠矣。
四十五年，令嗣后耗赠漕截等银米，暂存粮道仓库，俟回空时，仓场查明，按其挂欠数扣抵。不足，以行粮抵补。旋议定挂欠漕粮不及一分至六分之弁军治罪，总漕、粮道按所欠分数议处，并将所欠漕粮，由总漕、粮道及监兑、押运、佥丁、卫所各官至运丁，分别担任，均限定期内偿还。不完，总漕、粮道交部议，运官、运军分别治罪，仍责成总漕、粮道赔偿。全完者，优叙。
粮船抵通起卸漕米，例买别帮馀米抵补。雍正三年，奏准嗣后漕米如有不足，即分别参处偿还，不得以别帮馀米买补。其运军日用馀米，许其售卖，馀并禁阻。
漕船经涉江湖，偶遇风涛漂没，沿途催趱各官，及汛地文武官，亲临勘验出结，总漕及巡抚覆勘奏免。若军弁诈报漂没，及漂没而损失不多，乘机侵盗至六百石者，拟斩；不及六百石，充发极边，漕米按数赔缴。文武官遇漕船沈溺，不将情由申报，押运官弁巡查不谨，致失火焚毁者，俱降一级调用。地方官不协救，延烧他船者，罚俸一年。雍正初，奏准漕船在内河失风漂沈者，不许豁免，押运官弁照失于防范例，罚俸一年。如有假捏，严加治罪，出结官弁，从重议处。凡海洋江河遭风漂没，领运弁军幸获生全者，照军功保守在事有功例，晋级赐金。其漂没身故者，官弁照军功阵亡例，分别准廕加赠，运军给予祭葬银。
乾隆七年，议定漕船失风火灾，船未沉没，无论已未过淮，即令修固复载抵通。如已被沈难戽者，雇民船载运，随帮过淮盘验抵通。如失事在过淮以后，黄河中流，民船难募，令先分通帮带运开行，沿途仍雇觅民船装载。通帮各丁，出具互结，稍有亏欠，责令偿补。江、广漕船失风沈溺，如果不堪戽修，无论已未满号，地方官验明，申报总漕，就近变价，令运弁赉交粮道发给。回空漕船失事亦如之。嗣议准江苏、浙江、山东、河南等省买补船艘，如已满号，遇失风事故，就近折变，价银封交员弁携回，由粮道验给各军，以补新漕。漕船遇冰凌迅下，致被损坏，及雷火焚毁，沈失米粮，免其偿补。
各省漕粮，岁有定额，凡荒地无徵者，督抚勘实报免，随漕银米，一例蠲免。灾伤之区，应徵漕粮，及折改漕价，酌量各被灾轻重，分别缓徵、带徵。遇带徵之年，复又被灾伤，分年压徵带补。沿江沿海田地坍没水中者，保题豁免。水旱偏灾民地，例得蠲免，惟应船役，即被灾甚重，仍须供修船雇募等事，不得同邀宽典。康熙三十七年，议定京畿通州、武清、宝坻、香河、东安、永清六州县红剥船户所领地，水旱一体蠲免。水淹田亩，例于岁终确勘，涸前起徵，淹则停免。雍正十年，定淹田漕米照压徵例，俟冬勘后，涸则带徵，淹则豁免。
苏、松、太三属为东南财赋之区，赋额最重。世宗以来，屡议蠲缓，然较之同省诸府县，尚多四五倍或十数倍。道光时，两遭大水，各州县每岁歉蠲减，遂成年例。嗣是徵收之数，除官垫民欠，每年仅得正额之七八或五六而已。军兴以后，两府一州，受害尤酷。同治二年，谕江督、苏抚查明，折衷议减，期与旧额本轻之常、镇二府，通融覈计，著为定额。其绅户把持、州县浮收诸弊，永远禁革。四年，户部遵议：“江苏常、镇、太五属编徵米，系会同漕赠行月南恤局粮等款徵收。应如李鸿章等所奏，无分起运留支，一体并减，酌科则之重轻，视减成之多寡，计原额编徵米豆二百二万馀石，减五十四万馀石。”民困稍舒。曾国籓又请将苏、松地漕钱粮一体酌减。部覆漕项为办运要需，若议覈减，费必不敷，势须另加津贴，于民生仍无裨益。诏令国籓、鸿章仿浙省成例，覈实删减浮收，并严禁大户包揽短交等弊。是年减浙江杭、嘉、湖三属米二十六万馀石。
海运始于元代，至明永乐间，会通河成，乃罢之。清沿明代长运之制。嘉庆中，洪泽湖泄水过多，运河浅涸，令江、浙大吏兼筹海运。两江总督勒保等会奏不可行者十二事，略谓“海运既兴，河运仍不能废，徒增海运之费。且大洋中沙礁丛杂，险阻难行，天庾正供，非可尝试于不测之地。旗丁不谙海道，船户又皆散漫无稽，设有延误，关系匪细”上谓“海运既多窒碍，惟有谨守前人成法，将河道尽心修治，万一嬴绌不齐，惟有起剥盘坝，或酌量截留，为暂时权宜之计，断不可轻议更张，所谓利不百不变法也”自是终仁宗之世，无敢言海运者。
道光四年，南河黄水骤涨，高堰漫口，自高邮、宝应至清江浦，河道浅阻，输輓维艰。吏部尚书文孚等请引黄河入运，添筑闸坝，钳束盛涨，可无泛溢。然黄水挟沙，日久淤垫，为患滋深。上亦知借黄济运非计，于是海运之议复兴。诏魏元煜、颜检、张师诚、黄鸿杰各就辖境情形筹议。诸臣惮于更张，以窒碍难行入奏。会孙玉庭因渡黄艰滞，军船四十帮，须盘坝接运，请帑至百二十万金。未几，因水势短绌，难于挽运，复请截留米一百万石。上令琦善往查，覆称玉庭所奏渡黄之船，有一月后尚未开行者，有淤阻御黄各坝之间者，其应行剥运军船，皆胶柱不能移动。上震怒，元煜、玉庭、检均得罪。
协办大学士、户部尚书英和建言：“治道久则穷，穷则必变。河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务。盖滞漕全行盘坝剥运，则民力劳而帑费不省，暂雇海船分运，则民力逸而生气益舒。国家承平日久，航东吴至辽海者，往来无异内地。今以商运决海运，则风飓不足疑，盗贼不足虑，霉湿侵耗不足患。以商运代官运，则舟不待造，丁不待募，价不待筹。至于屯军之安置，仓胥之稽察，河务之张弛，胥存乎人。矧借黄既病，盘坝亦病，不变通将何策之从？臣以为无如海运便。”诏仍下有漕各省大吏议。时琦善督两江，陶澍抚安徽，咸请以苏、松、常、镇、太仓四府一州之粟全由海运。乃使布政使贺长龄亲赴海口，督同地方官吏，招徠商船，并筹议剥运兑装等事。嗣澍言：“现雇沙船千艘，三不像船数十，分两次装载，计可运米百五六十万石。其安徽、江西、湖广离海口较远，浙江乍浦、宁波海口或不能停泊，或盘剥费钜，仍由河运。”上乃命设海运总局于上海，并设局天津。复命理籓院尚书穆彰阿，会同仓场侍郎，驻津验收监兑，以杜经纪人需索留难诸弊。
六年正月，各州县剥运之米，以次抵上海受兑，分批开行。计海运水程四千馀里，逾旬而至。米石抵通后，转运京仓，派步军统领衙门文武员弁沿途稽查。沙船耗米，于例给旗丁十八万馀石内动放，所节省耗米六万石，仍随同起运。承运漕粮每石给耗米八升，白粮耗米一斗，以补正米之不足。仍将漕运商耗覈出二成，白粮覈出三成，由津局给价收买，随正交运。漕粮无故短少霉变，于备带耗米内补足；不敷，勒令买补。如有斫桅松舱伤人等事则免之。船户脚价饭米折色并津贴等银，先于受兑后发七成，馀三成交押运员弁，到坝后查无弊端，始行全发。沙船馀米不下十万石，初照南粮例，听天津人照市价收买。嗣以商人希图贱价售买，改由官为收买，其价银由江南委员转发船户，后仍令商船自行售卖。
每届海运期，沿海水师提镇，各按汛地，派拨哨船兵丁，巡防护送，并派武职大员二，随船赴津。上海交兑时，先期咨照浙江提镇水师营出哨招宝、陈钱一带地方，江南提镇水师营出哨大小洋山，会于马迹山，山东总镇出哨成山、石岛，会于鹰游门，以资弹压。山东洋面，责成游击、守备，搜查岛屿，防护迎送。后以邵灿言，停派护送武职大员，责成沿海水师逐程递护。嗣宁、沪商人各置火轮船一，遇新漕兑开行时，分别扼要巡防。
剥船，直隶旧设二千五百艘，二百艘分拨故城等处，八百艘留杨村，馀千五百艘集天津备用。后雇賝堪装漕粮二百五十石民船五百艘，以备装载。商船首次抵津，先仅府县仓脚庙宇拨卸三十万石，馀令剥船径运通仓。随将天津仓脚庙宇所储漕米运通，无庸转卸北仓，致多周折。至商船二次抵津，如剥船不敷装载，即将米先储府县仓脚庙宇；不敷，再剥储北仓。随令原剥将所储米石侭数运通。剥船足敷装载，即按首次商船办法，不必分储北仓，以归简便。剥船百六十只为一起，由经纪自派人分起押运交仓，押运员役禀报仓场，复驰回续押后起米船。经纪等止须带领斛手到船起卸，如有藉端刁难需索，交地方官从严治罪。
各州县经管剥船，每年例给修艌银五两，三年小修一次，给费二十两，岁终漕竣，逐一挑验，船身坚固者，酌量修艌，如损坏较甚，即核赏估价，所需经费，于道库油艌银项下动拨。封河守冻期内，每船工食银十五两，运米百石，给脚价八两四钱，食米一石一斗五升。嗣每百石加脚费五两。李鸿章因官剥船户贫困滋弊，例定工食银十五两，仅领一半，不敷赡家，请每船由苏、浙漕项内酌贴五两，部格不行。鸿章上疏争之，诏从其议。商船领运漕粮，迅速无误，万石以下给匾额，五万石奖职衔，每次奏保以百二三十人为限。
七年，蒋攸銛请新漕仍行海运。上以近年河湖渐臻顺轨，军船可以暢行，不许。其后各省岁运额漕，逐渐短少，太仓积粟，动放无存。二十六年，诏复行海运。二十七年，议准苏、松、太二府一州漕白粮米，自明岁始，改由海运。三十年，复令苏、松、太二府一州白粮正耗米，援照成案，由海运津。咸丰元年，户部尚书孙瑞珍请河海并运。御史张祥晋请将江苏新漕，援案推广常、镇各属及浙江，一体海运。下江督陆建瀛、苏抚杨文定、浙抚常大淳妥议。覆称明年苏、松、常、镇、太四府一州漕白粮米，请一律改由海运。浙漕碍难海运，请仍循旧章，从之。二年，建瀛上筹办海运十事，下部议行。是年以浙江漕船开兑过迟，回空不能依期归次，诏来岁新漕改为海运，从巡抚黄宗汉请也。五年，河决铜瓦厢，由张秋入大清河，挟汶东趋，运道益梗。六年，截留江苏应运漕粮二十万石供支兵饷，实运漕白正耗及支賸给丁馀耗米七十五万五千馀石，其歉缓南漕，令各州县依限催徵运通。
同治七年，议试用夹板船装运采买米石，水脚银数悉仍沙船例，给银五钱五分，挽至天津紫竹林，由商董就近寄栈，听验米大臣会同通商大臣验收过剥，所需小船剥价、栈租、挑力，每石给银七分，由商董承领经理。又每石给保险银三分，设有遭风抛失，责令贴补。至每米千石，随耗八十石，备带馀米二十石，剥船食耗米十一石五斗。又每百石给津、通剥价银八两一钱四釐，通仓个兒钱折银二两，均照海运正漕采买各案办理。是年以津沽河面狭隘，常有沈船失米之虞，于大沽增设海运外局。
九年，浙江巡抚杨昌濬奏：“浙省来岁新漕，酌拟海运章程十四条：一，委员分办，以专责成；一，新漕仍由上海受兑放洋，白粮仍循案装盛麻袋，首先运沪；一，宽备海运商船，并由苏省多拨沙船，移浙济用；一，经耗等米，仍照数支给，商耗饬带本色并馀耗申糙等米搭交仓；一，增给天津剥船耗米，以弥亏欠；一，津、通经费，照案备带，？羡等款，仍按数抵解；一，商船准带砲械，并由商捐轮船护送，仍责成沿海水师实力巡防；一，天津交米后，循旧责成经纪，续到之船，仍由天津道验收；一，循案加增海运经费；一，米船到津，应多添排数，宽备剥船；一，商船水脚等项，照案核给，并二成免税，酌定赏罚；一，商船二成免私之货，仍以米石计斤，所带竹木，照案免税；一，商船回空载货，照向章免税；一，米船抵津交卸，严禁经纪斗斛剥船需索浮费。”下部议行。十年，鸿章言：“剥船守候苦累，每载米百石，请加给脚价银五两，并另筹运白粮民船守候口粮银万二千两，由苏、浙粮道库漕项内拨解；不敷，则由司库通融借拨。”
十一年，昌濬请以轮船运漕，从之。轮船招商，由商人借领二十万串为设局资本，盈亏悉由商任之。购坚捷轮船三艘，每年拨海运漕米二十万石，由招商轮船运津，其水脚耗米等项，仍照向章办理。轮船到津，命直督筹备剥船转运，并会同仓场侍郎临栈查验，仍仿照白粮例，由江、浙抚道运通交纳，以杜折耗偷漏。轮船协运江、浙漕粮，签明某省漕白粮米字样于米袋之上。粮米上栈时，由沪局派员监兑；兑竣，即由轮船商局给收米回文，以后装船起运，俱由商局覈办，沪局不再与闻。其栈费夫力，亦由商局任之。凡漕粮派装轮船，轮船商局酌委执事，会同沪局详验，米色乾洁，方行收兑，交轮局押赴浦江东栈斛收。抵津，饬津局各员董提前验收，以免壅滞。轮船每艘载米三千石，填发连单，由津局稽核，一切领银领米等结悉罢之。轮船运米，由上海道填给免税执照，并援例得酌带二成货物。其洋药及二成之外另带货物，仍须纳税。
乔松年奏山东境内黄水日益汎滥，运河淤塞，拟因势利导，俾黄水先驱张秋。其张秋南北，普行挑濬，修建徬坝以利漕。丁宝桢、文彬奏请挽复淮、徐故道。事下廷臣会议。复称铜瓦厢决后，旧河身淤垫过高，势不能挽复淮、徐故道。至借黄济运，筑堤束水，与导卫济运之法同一难行。鸿章奏请仍由海道转运，令各省酌提本色若干运沪，由海船解津，馀照章折解，以节运费。并随时指拨漕折银两采买接济，并请停止河运采买粮石，推广海运。仍下部议。先是江北漕粮，由河运通，至是亦试办海运。十三年，奏准江西在沪采买漕粮八万石，交招商局由海运津，每石脚价银二两七钱。光绪元年，湖南漕粮采办正耗米二万三百四十五石，湖北采办三万石，均交招商局由海运津。江西、湖南寻停。
宝桢奏运河废坏，莫非黄水之害，治运必先治黄。应先将微山湖之湖口双闸及各减闸，迅速修砌，及时收蓄，以保湖潴；运河正身亦须量为疏濬。嗣桂清、毕道远、广寿、贺寿慈等亦以筹款修复运河为请。黄元善复称：“自黄河北徙，运河阻滞，改由海运，原属权宜之计。当时奏定江苏漕额，以河运经费作为海运支销，每石不得过七钱。嗣以经费不敷，迭次请增。江苏所加，距一两不远，浙江已加至一两，较道光二十八年、咸丰二年海运经费尚有节省归公者，大相迳庭。且海运历涉重洋，风波靡定，万有不测，所关匪细。河运虽迂滞，而沿途安定，经费维均。自各省以达京仓，民之食其力者，不可数计。裕国利民，计无善于此者。现停运未久，及时修复，尚属未晚。再迟数年，河道日淤，需费更钜。臣以为河运迂而安，海运便而险，计出万全，非复河运不可。”上命河督、漕督及沿河各督抚筹画具奏。沈葆桢疏驳桂清、毕道远等请将有漕省分酌提漕项及将海运粮石分出十数万石改办河运之议，并力言“河运决不能复。运河旋濬旋淤，运方定章，河忽改道，河流不时迁徙，漕路亦随为转移。而借黄济运，为害尤烈。前淤未尽，下届之运已连樯接尾而至，高下悬殊，势难飞渡。于是百计逆水之性，强令就我范围，致前修之款皆空，本届之淤复积。设令因济运而夺溜，北趋则畿辅受其害，南趋则淮、徐受其害，亿万生灵，将有其鱼之叹，又不仅徒糜巨帑无裨漕运已也”七年，令直督饬招商局有协运漕粮时，酌分道员驻津验兑，并责成粮道严督治漕事人员，兑米时加意查察。因招商局协运江、浙漕粮，有攙杂破碎诸弊故也。
十年，法人构衅，海运梗阻。太常卿徐树铭言：“漕粮宜全归河运，请于运道经行处疏濬河流，修治闸坝，并选雇民船以济运。”明年，曾国荃言：“来年河运酌添江苏漕粮五万石，并将邳、宿河道淤浅处，酌估挑濬。”从之。卢士杰言：“郑州黄河漫口夺溜，山东运河十里堡门外积淤日宽，回空漕船，不能挽抵口门。现宁、苏新漕待船装载，邳、宿挑淤筑坝，必待空船过竣，方可兴工。”上命迅饬疏濬积淤，俾漕船早日南下。十五年，从山东巡抚张曜请，改拨海运漕米二十万石仍归河运。曾国荃、黄彭年奏：“江、安河运米石，业经截留充赈。苏属河运漕米十万，前已改归海运，各州县起运，均已抵沪，骤改河运，窒碍难行。且雇船将近千艘，亦非旦夕可致。请俟本年冬漕，再行遵旨提前河运，以期规复旧章。”制可。
十九年，北运河上游潮、白等河狂涨，水势高于堤颠数尺，原筑上堰，俱没水中，运河水旱大小决口七十馀处，由津运京米麦杂粮千数百艘，在杨村阻浅，命鸿章将各口门堵合，并疏濬河身，停蓄水势，以利舟行。二十二年，王文韶奏：“南漕改行海运，惟江北漕粮仍由河运，复于苏、松项下提拨米十万石并入河运。船多道远，自黄入运，自运入卫，节节阻滞，船户穷无复之，窃米攙水，诸弊丛生。本年漕船到津，较昔已迟二三月，诚恐有误回空。已饬并程催趱，剋日兑收。但此次截留江北漕米五万石，米色尚佳。江苏五万石，米色参差，甚或蒸变，剔除晾曬，几费周章，盖运受黄病，已非人力所能挽救。拟请自本年始，改拨苏漕之十万石统归海运。其江苏冬漕仍办河运，以保运道。”下部议行。御史秦夔扬以江北河运劳费太甚，疏请停办，改折解部。部议漕粮关系京仓储积，未便遽更旧制。
二十六年，以战端既开，从陈璧请，于清江浦设漕运总局。车驾西幸，转运局移汉口，清江改设分局。是年南漕改用火车由津运京。二十七年，以财用匮乏，谕：“自本年始，直省河运海运，一律改徵折色，责成各省大吏清釐整顿，节省局费运费，并查明各州县徵收浮费，勒令缴出归公，以期汇成巨款。”奕劻请于应办白粮外，每年采办漕粮百万石，纯用粳米，并不得率请截留，从之。二十八年，部议本年江、浙漕粮，纯归招商局轮船承运，费应力从减省。盛宣怀奏：“近年沪局轮船，因事起运太迟，栈耗既钜，及运至塘沽，又值联军未退，费用倍于常时。二十六、二十七两年，招商局所领水脚，实不敷所出。本年太古洋行原减价揽载，英、日议定商约，均欲漕运列入约章，臣等力拒之。盖招商局为中国公司，前李鸿章奏准漕米、军米悉归招商局承运，实寓有深意也。此次详察中外情形，拟请自二十八年冬漕始，于向章每石轮船水脚保险等项漕米银三钱八分八釐一毫内减去五分，永为定制。”从之。
江、浙漕粮由海运津，向用剥船运至通仓，每石支耗米一升一合五勺，名曰“津剥食耗”自南漕改用火车运京，此项耗米，改令随正交仓。嗣因运米事竣，每有亏耗，许仍旧支给，以抵车运亏耗云。